Lorsqu'un système CNC est activé, les coupes souhaitées sont programmées dans le logiciel et dictées aux outils et machines correspondants, qui effectuent les tâches dimensionnelles spécifiées, un peu comme un robot.

En programmation CNC, le générateur de code du système numérique supposera souvent que les mécanismes sont impeccables, malgré la possibilité d'erreurs, ce qui est plus important lorsqu'une machine CNC doit couper dans plusieurs directions simultanément.Le placement d'un outil dans un système de commande numérique est défini par une série d'entrées appelées programme pièce.

Avec une machine à commande numérique, les programmes sont saisis via des cartes perforées.En revanche, les programmes des machines CNC sont transmis aux ordinateurs via de petits claviers.La programmation CNC est conservée dans la mémoire d'un ordinateur.Le code lui-même est écrit et édité par des programmeurs.Par conséquent, les systèmes CNC offrent une capacité de calcul bien plus étendue.Mieux encore, les systèmes CNC ne sont en aucun cas statiques puisque de nouvelles invites peuvent être ajoutées aux programmes préexistants via un code révisé.